UGENEの導入

UGENEはUniPro（ロシア）が開発しているバイオインフォマティックスツール
Windows、Mac、Linuxで動作するフリーのソフトウェア

UGENE - Integrated Bioinformatics Tools - http://ugene.net/

UGENE - Integrated Bioinformatics Tools

今回はインストール紹介までする。気が向いたら続きも投稿するかも。


国内でよく使われていると思われる、GENETYX、CLC Workbenchなどの有償の統合ツール（なんと言えばいいのだろう...Office suite的な？）にも引けを取らない強力なソフトウェアになっています。

開発元がロシアということで、設定できる言語はロシア語、英語ということで初見でとっつきにくいところが原因なのか、いまいち使っている方を知らない。今回は布教できたら良いなと思っています。

以下、Windows端末にUniversal innstallerを使ってfullパッケージでUGENEを導入する場合を前提に進みますが、自分の好きなようにチョイスしてもらって構いません。

さっそくインストール！

Latest Release - UGENE - http://ugene.net/download.html

• UGENEの新しいバージョン（stable）はだいたい3ヶ月ごとにリリースされる。
• UGENE起動時にアップデートのチェックも行われる。最初の人はここからUniversal installer packageをダウンロードするのがベター。
• オフライン環境の端末にインストールしたい場合など、Universal innstallerを使用しない場合は、パッケージによっては含まれていない機能などがあるので好きなものをチョイスする。NGSパッケージは容量が大きいのでダウンロードに時間がかかるかも。
• はじめてのインストールでstandardを選択しても後からfull相当、NGSの追加など、アップグレードも可能
• External Toolsで出来ること出来ないこと一覧
• External Tools - UGENE - http://ugene.net/external.html

Universal innstaller

ダウンロードしたinnstallerを起動すると、数秒後にウィンドウがでてくる。

次へをクリックするとレポジトリーにアクセスし、導入可能な新しいバージョンを選んでくれる。プロキシ設定が必要な場合は左側「設定」から。

パス選択

インストールするパスを選んで...（通常そのままでOK）

パッケージ選択

デフォルト設定ではFull package additionsになっているので、そのまま「次へ」。

Standardはもちろん外せないので、「Standardでいいよ！」という方はFull package additionsのチェックを外す。NGSツールが欲しい場合はNGSをチョイスする。どちらも左側の「>」をクリックして展開するとより詳細なパッケージ選択が選べます。

ライセンス条項の同意

UGENEを構成する各種ツールのライセンス条項への同意が必要になります。

確認後、「ライセンスに同意する。」を選択して「次へ」。

ショートカット

お約束のショートカット。「次へ」

確認画面

一通り選択が進むと、インストール前段階でディスクをどれだけ消費するか確認があります。NGSパッケージだと5GB前後あるかと思います。

「インストール」をクリックすると、ユーザーアカウント制御(UAC)のダイアログがでる場合もあります。「はい」を選択して変更を許可してください。

インストール中

しばし待ちましょう。

インストール完了！

ここまで約25分かかりました。ダウンロード環境にも依るでしょう。コーヒーでも飲んでお待ちください。

終了

「完了」をクリックしてUGENEを起動しましょう。

スプラッシュ

少し待った後...

こんな感じで起動します。

「Optional」でUGENE改善のために協力できます。お好みでどうぞ。

インストール編はここまでです。

ここまでのインストールで、既にPCにセーブしているABIシーケンスファイルやfastaファイル等、かなりのファイルが開けるよう関連付けがされているかと思います。少しずつ使い方をやわらかくまとめていけたらと思います。

-追記-
UGENEはフリーです。
このページにはAdSenseがあります。
こういうのあまり自分でも良くない気がするのでご指摘ありましたら削除します。